Анна Нетребко со вторым мужем, азербайджанским тенором Юсифом Айвазовым, живёт в Австрии, но в нескончаемой череде гастролей по всему миру навещает и отцовский дом в родном Краснодаре.
Анна Нетребко родила первенца в сентябре 2008 года от уругвайского баритона Эрвина Шротта. Позже у ребёнка было диагностировано расстройство аутистического спектра. На протяжении долгих лет Анна сражается с этим диагнозом Тиши, так зовут мальчика в семье, с помощью педагогов и разных методик.