Административно острова составляют две провинции: Северное Малукку (административный центр остров Тернате) и Южное Малукку (административный центр остров Амбон).
Остров Тернате был столицей султаната с одноименным названием с 1257 г, то есть за три столетия до появления здесь европейцев. Под властью Тернате в период расцвета его могущества находилась восточная Индонезия и южная часть Филиппин. Тернате был главным поставщиком пряностей (прежде всего, гвоздики) на международные рынки в XV-XVI вв.
Главной туристической жемчужиной Молуккских островов по праву считается Амбон. Этот остров и находящийся поблизости архипелаг Банда привлекают туристов богатством подводного мира. Наиболее привлекателен для пляжного отдыха южный берег острова Амбо, хотя сам остров часто называют «землей тысячи пляжей».
Острова Банда, расположенные в 130 км к югу от Амбона, популярны прежде всего у любителей дайвинга и соперничают с такими известными курортами Индонезии, как Вакатоби, Бунакен и Раджа Ампат.
